Kardanwelle und Lagerung mal Untersucht?
Kreuzgelenke, Hardyscheibe, Befestigung, usw

Testweise und wenn möglich die Kardanwelle mal um 180 Grad verdreht montieren und schauen ob sich an der Vibration was ändert.

Ich gehe davon aus das Reifen schonmal umgezogen worden sind, also z.B von vorne nach hinten, die Motor und Getriebe Lagerung sowie die Kupplung und Schwungrad ok sind. Letzteres läßt sich natürlich nur sagen wenn es auch ausgebaut wurde.
Es kann ziemlich viel sein....